Середина XVI столетия. Феодальная Япония, некогда находившаяся под властью императора, раздроблена и поделена между множеством враждующих кланов. В роли даймё — лидера одного из них — игроку предстоит воевать, решать разноплановые хозяйственные вопросы и вести тонкую дипломатическую игру, чтобы добиться главной цели: прекратить междоусобные распри и объединить страну под своим началом, став правителем всей Японии.
Дополнение Total War: SHOGUN 2 – «Закат самураев» посвящено драматическим событиям конца XIX века — противостоянию сторонников императорской власти и сегуната. Действие разворачивается через 400 лет после событий оригинальной игры. Многовековая культура самураев находится под давлением развитых капиталистических держав, вооруженных передовыми технологиями.
Вмешательство во внутренние дела Японии США, Великобритании и Франции привело к кровопролитной гражданской войне, исход которой определит будущее страны.