Капитан авиации Колтер Стивенс просыпается в теле незнакомого мужчины. Вскоре выясняется, что он участвует в задании по поимке террориста, заминировавшего пригородный поезд Чикаго.
В ходе задания Стивенс обнаруживает, что стал частью правительственного эксперимента под названием «Исходный код» — программы, которая позволяет переноситься в личность другого человека в последние восемь минут его жизни. Чикаго угрожает второй, более мощный взрыв, который может убить миллионы людей. И Колтер снова и снова переживает катастрофу, собирая с каждым разом всё новые улики, чтобы предотвратить следующий взрыв.